В 1991 году храм был открыт вновь и отдан общине верующих после долгих десятилетий запустения, продолжавшегося с 1940 года. Грустное зрелище представляла собой поруганная святыня, в помещении которой в советское время размещался колхозный склад. Ветхие рушащиеся стены, полностью уничтоженная колокольня, «дырявая» кровля, кирпичная глухая перегородка посередине церкви, делящая ее на две части, растущие березки на месте купола, репейник на территории размером с человеческий рост – вот та удручающая картина, которая производила впечатление на любого человека в начале девяностых годов двадцатого столетия.

Очень трудно начинать с нуля, однако многое было сделано для того, чтобы возобновить Богослужения, которые до 1998 года совершались в малом Богоявленском приделе. Усилиями прихожан сперва отремонтирована кровля храма. За 1992-1995 оцинковкой покрыт купол и водружен крест, мастерами установлен временный иконостас. Отопление производилось углем.

В 1997-1998 заново переделана кровля более прочными материалами, впервые оштукатурены за многие годы стены внутри и снаружи, разобрана кирпичная перегородка в храме, водружен крест на главный купол. С 1998 Богослужения начались в главном Никольском приделе, и уже в апреле этого года он был освящен архиепископом Григорием Можайским, викарием Московской Епархии.

В 1998-1999 изготовлена полная звонница колоколов на средства Московской Епархии по благословению Митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия (временная деревянная колокольня находилась рядом с храмом.)

1999-2008 – работы по воссозданию утраченной колокольни, а также строительство здания воскресной школы и дома причта. Разработка проекта осуществлялась ГУП  ‘’МосжилНИИпроект’’ под руководством академика Чутчикова П.И.

2000 – устройство железной ограды вокруг храма.
2001 – замена старых окон на новые пластиковые.

В 2004 в связи с подходящими к завершению работами по строительству колокольни и дома причта начинается облагораживание территории. Площадка по периметру храма и подъезд к нему выложены высококачественной плиткой, площадка перед воротами храма заасфальтирована.

В 2005 проведено отопление храма, установлена вентиляционная система.

2004-2009 – работы по выполнению иконостасов  в Никольском и Богоявленском приделах мастерской Николо-Шартомского монастыря г. Иваново.

В 2006 — замена плитки полов на новую керамогранитную во всем храме, наложение  «теплых» полов.

В 2007 – установлена система подсветки храма с помощью 14 специально направленных уличных прожекторов. Это дает возможность увидеть наш храм на расстоянии в темное время суток.
2008 — изготовление и установка входных деревянных дверей.

2008-2009 – изготовление и установка новых позолоченных куполов и крестов на колокольне и на храме. В 2009 по благословению Митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия освящен Богоявленский боковой придел благочинным церквей Сергиево-Посадского округа игуменом Иоанном Самойловым иерейским чином. В 2010 вновь были отштукатурены и покрашены наружные стены церкви и воскресной школы, заменена старая кровля на новую в доме причта.

2011 — проходили работы по реконструкции центральных входных ступеней храма,которые выложены керамогранитной плиткой.

В 2012 установлено акустическое оснащение храма. Службу теперь можно слышать одинаково хорошо во всех отдаленных точках храма и на улице. Купола храма выкрашены в голубой цвет, на них установлены звезды из нитрит титана.

Наш храм Святителя Николая Чудотворца Господь не оставляет своей милостью. Подтверждением этому является чудным образом приобретение особо почитаемых святынь: в храме находится частица мощей Святителя Николая Чудотворца, переданная из церкви Св. Илии Пророка, часть древа Животворящего Креста Господня, частица мощей Св. Новомученика прот. Константина Богородского.
Чудесным образом была возвращена досточтимая икона Семи Ефесских отроков, находившаяся в храме еще до 1940 года до его закрытия. В годы гонений она хранилась от поругания в доме одной благочестивой прихожанки. Под иконой сохранилась надпись: «Икона сия поставлена жителями села Бужаниново в память градобития, как вразумления от Господа, бывшего 4 дня августа 1846 года.» Отныне 17 августа ежегодно служится в этот день Литургия и совершается Молебен Святым отрокам.

С 2010 года в храме находятся десятки частичек мощей Карфагенских и Римских святых, а в 2011 году приобретены частицы мощей Святителя Иоанна Златоустого, Святителя Василия Великого, Апостола Андрея Первозванного, Блг. кн. Александра Невского, прп. Кукши Одесского и 12-ти Апостолов. Специально для хранения и поклонения частицам Св. мощей  угодников Божиих изготовлен мощевик на 120 частичек, который на данное время позолочен.

На протяжении последних лет при храме действует воскресная школа, организуются благотворительные обеды после Литургии для прихожан и всех желающих.