Исторические сведения о церкви в селе Бужаниново начинаются вместе с историей самого села. В раздельной записи братьев
Зворыкиных 1543 года упомянута и церковь «Никола Чудотворец да придел Иван Святый, списатель листовицы». При церкви поп Лаврентий Романов. Надо полагать, что во время нашествия поляков деревянная церковь была разрушена и построена снова, так как с 1627 года в писцовых книгах придела святого Иоанна Лествичника уже не значится.
С 1592 года в селе служили иереи Иван Григорьев, Михаил Иванов, Андрей Михайлов, Косьма Иванов. В писцовых книгах Сергиева монастыря за 1627-1631 переписаны дома причта: «А у церкви двор, говорится, поп Григорий Родионов, двор дьячок Васька Сергиев, двор пономарь Максимка Суворов, двор просвирницы…».
В переписных книгах 1678 года при Никольской церкви священник Михаил Иванов и дьячок Митька Федосеев. В 1719 году – Андреян Михайлов, дьячок Иван Дмитриев, пономарь Григорий Евдокимов, кроме них сверхштатный дьякон Василий Андреев.
В указе Казенного Синодального приказа, данном на имя священника с. Бужаниново Косьмы Иванова сентября 3 дня 1733 года, позволяется построить вместо ветхой Никольской церкви новую деревянную во имя того же Святителя. В 1734 году новая деревянная церковь в монастырском селе была построена. Ее освятил в честь Николая Чудотворца архимандрит Варлаам, настоятель Троице-Сергиева монастыря. Другая церковь — Богоявления — построена в 1758 году и разобрана в 1844, на ее месте была поставлена часовня.
До 1764 года село принадлежало монастырю, затем управлялось Ведомством Экономии. С 1775 года священником при Никольском храме служил о. Петр Михайлов. В 1813 — Платон Семенович Александровский.
В 1827 году на средства прихожан и священника построена ныне существующая каменная церковь Святителя Николая с приделом Богоявления, в 1830 году она была освящена. В церкви два престола: центральный — в честь Святителя Николая Чудотворца, и боковой — в честь Богоявления. Церковь является историческим памятником, выполнена в архитектурном стиле ампир. В теплом приделе иконостас поставлен в 1842 году на средства благотворителя Александра Степановича Острякова.
С 1841 в Никольском храме служил священник Иоанн Николаевич Крылевский. В 1860 он открыл для крестьянских детей школу грамотности в своем доме. С 1863 священник Андрей Никифорович Соколов, к 1885 награжденный набедренником. Первым приходом, где служил о. Андрей после окончания семинарии, был храм с. Чернецкое Александровского уезда Владимирской губернии. У о.Андрея и его жены Ольги Дмитриевны в 1870 родился сын Александр, который в 1884 окончил Переславское Духовное училище, а в 1890 Вифанскую семинарию.
В соответствии с «Расписанием приходов и причтов Владимирской Епархии», высочайше утвержденным в 1873, был образован Бужаниново-Сватковский приход. В нем числилось 977 ревизских душ. Он состоял из сел Бужаниново (57 душ) и Сватково (100 душ) и деревень: Леоново (75), Слободка (68), Душищи (97), Игнатьево (93), Семенково (35), Топорково (55), Митино (36), Дубининское (141), Шубино (52), Рогачево (87), Козицыно (65), Рябинино (16). Причт по штату состоял из 2 священников и 2 псаломщиков.
В 1876 в Никольской церкви с. Бужаниново (главной в приходе) служил священник Алексей Крылевский. Ему сослужили диакон на псаломщицкой вакансии Стефан Попов, дьячок Павел Веселовский (сверх штата) и пономарь Василий Косаткин. В 1874 в доме священника было открыто приходское училище. Настоятель прихода священник Михаил Товаров служил в Покровском храме с. Сватково (приписном).
Прихожан по клировой ведомости 1885 было 1202 человека. К церкви с. Бужаниново была приписана деревянная часовня в д. Дубининской.
В 1938 церковь закрыта, разрушена колокольня. В здании размещались склады совхоза «Труд».
В 1991 году разрушенное церковное здание передано общине верующих села Бужаниново и прилегающих деревень. Первым настоятелем храма был назначен священник Николай Недосекин (1991-1994 годы), затем священник Анатолий Мавленков.
С ноября 1996 и по август 2017 настоятелем являлся протоиерей Николай Ляхов. За двадцать лет трудами настоятеля, благодетелей и прихожан храм практически восстановлен из руин заново.
С августа 2017 по 10 апреля 2019 настоятелем являлся протоиерей Александр Колесников.
Указом Митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия от 11 апреля 2019 года настоятелем храма назначен иерей Аркадий Иванович Жуков.
